تأسیس و فعالیت مراکز تحقیقات از راهکارهای کلیدی و عملی برای تقویت توان پژوهشی دانشکده ها و گروههای آموزشی دانشگاههای علوم پزشکی می باشد. تا کنون 40 مرکز با موافقت قطعی، ۱6مرکز با موافقت اصولی، 3 هسته پژوهش(مراکز دارای موافقت اولیه دانشگاهی)، 3 مرکز تحقیقات غیر دولتی، 3 پژوهشکده در دانشگاه در حال فعالیت هستند. گروه قابل توجهی از اساتید دانشگاه و نخبگان کشور در این مراکز گرد هم آمده اند تا با گسترش تحقیقات اولویت دار به نیازهای سلامت جامعه پاسخی درخور دهند.

فعالیت مراکز مصوب متعدد و تاسیس مراکز جدید، لزوم سازماندهی و تقویت مراکز و هماهنگی فعالیتهای آنها را بیش از پیش جلوه گر می سازد. این فعالیتها در حوزه معاونت تحقیقات و فناوری  به عهده "دفتر توسعه و هماهنگی مراکز تحقیقات" است. معاونت تحقیقات و فناوری  با تشکیل رسمی این دفتر در سال ۱۳۷۸ بر آن است با انسجام بیشتری اهداف ذیل را دنبال نماید:

- تسهیل روند تاسیس مراکز تحقیقاتی جدید

- مدیریت کمی رشد مراکز تحقیقاتی و پیگیری ارتقاء کیفی عملکرد آنها  

-بستر سازی و ایجاد زمینه به منظور ایجاد و توسعه فناوری مبتنی بر پژوهش و توسعه سلامت

-زمینه سازی برای ارتقاء توانمند های تحقیقاتی و فناوری پژوهشگران

-شناسایی ذی نفعان بالقوه پژوهش ها و زمینه سازی برای تعامل با آنها در راستای نیاز های تحقیقات و فناوری عرصه سلامت در جامعه  

- هدایت پژوهشهای مراکز به سمت پاسخگویی بیشتر به نیازهای سلامت جامعه

- هماهنگی بیشتر مراکز تحقیقاتی برای انجام پژوهشهای مشترک

- تقویت رقابت پژوهشی بین مراکز تحقیقاتی

- انجام ارزشیابی مدون دوره ای و ارتقاء آن